Las autoclaves horizontales se utilizan principalmente para procesar equipos y materiales potencialmente contaminados en el laboratorio, esto incluye componentes electrónicos, materiales de investigación, equipos y fibras sintéticas.
La autoclave horizontal también está diseñada para procesar materiales no contaminados, lo que la convierte en un dispositivo ideal para la fabricación de productos, la prevención de la contaminación, la formación adicional y la realización de procedimientos especializados.
El uso más común de las autoclaves es el proceso de muestras biológicas
Muchos laboratorios hacen uso de las autoclaves horizontales para procesar muestras biológicas, estas son muestras de tejido, sangre y otros materiales orgánicos, que necesitan ser desinfectados.